三六協定の内容は、労基法施行規則16条に定める事項を具体的に記載したものでなければならない。協定書および記載例は次のとおりである。以下記載要領を解説する。協定書は、時間外労働と休日労働との2つに区分されている。そして協定の様式が変更され、（1）通常の時間外労働のほかに、（2）1年単位の変形労働時間制および（3）特定労働者（女性）の時間外労働に関する欄が追加された。まず時間外労働について解説する。この欄で対象とされるのは時間外労働であり、法内残業をも包含する意味でのいわゆる「残業」ではない点に留意されたい。「（1）時間外労働をさせる必要のある具体的事由業務別に具体的な事由を記入する。」「（2）所定労働時間就業規則等に定められているレギュラーな就業時間」「（3）延長する時間」。勤怠管理に関する詳しい内容はこちらが有益な情報を提供しております。また1年単位の変形労働時間制の時間外労働の限度は、通常の労働時間制の基準より短い限度時間とされた。今後はこの限度を超える協定を締結した企業に対して、罰則はないし、協定は民事上ただちに無効とされることもないが、労働基準監督署から強い改善指導が行われることになる。